En los 1600's, establecer misiones era una actividad clave de los primeros españoles que llegaron a lo que ahora es Baja California. La ciudad de Loreto fue el sitio donde se erigió la primera misión jesuita en el estado, cifra que llegó a 23 misiones entre los años de 1683 y 1767, misma que se fue reduciendo debido a varios factores. La conversión aminoró drásticamente por el hecho de que había escasez de feligreses, situación muy común en aquellos tiempos, cuando los primeros pobladores, los Jesuitas, trajeron consigo una variedad de enfermedades como la varicela, tifus y enfermedades venéreas, entre otras. Lo que era una comunidad de 48,000 personas se redujo a 8,000.
También había sospechas por parte del gobierno español de que los Jesuitas se estaban enriqueciendo de manera indebida. Esto llegó a tal grado que los Españoles sacaron a los Jesuitas de regreso a España (según fuentes, a punta de pistola). Los siguientes en llegar fueron los Franciscanos, encabezados por el Padre Junípero Serra. Éstos construyeron sólo una misión en México y por órdenes de los altos mandos, se fueron a establecer misiones en la Alta California (lo que ahora es el estado de California), llegando a un total de 21 y consiguiendo la beatificación del Padre Serra.
